SSL Multidominio

En resumen lo correcto es como empresa u organización comprar un único certificado para todos los dominios en la misma IP.

Explicación:
https://www.globalsign.es/socios/varios-certificados-ssl-en-unica-direccion-ip/

Ver Organization SSL:
https://www.globalsign.es/ssl/certificados-ssl/ssl-multidominio/

Ver Organization SSL:
http://www.interdominios.com/certificados-ssl-digitales.aspx


Una posible solución al problema:
SNI (Server Name Indication). instalar modulo GNUTLS en Apache (no tengo forma de hacerlo).
Información:
http://es.wikipedia.org/wiki/Server_Name_Indication
https://wiki.apache.org/httpd/NameBasedSSLVHostsWithSNI


CAcert.org es una autoridad certificadora dirigida por la comunidad que emite certificados gratuitos al público. En necesario fomentar el uso de CACert